把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
税款保付反担保函
是指对在银行开户的加工贸易企业，银行可为该企业出具以中国银行为受益人的反担保函。加工贸易企业在开展加工贸易业务中为免向海关缴纳税款保证金，需委托中国银行出具以海关为受益人的税款保付保函。
银行保函有个缺点就是，企业自己去银行办理保函，必须全额保证金交到银行，而且在规定时间内是不能挪用的，这样会占用公司大量的流动资金，可以解决的办法，就是找担保公司，他们在银行有授信，可以用他们在银行的授信出保函，只需要给一笔担保费就可以，不用交保证金，是非常划算的。
保函分为：投标、履约、预付款、质量、农民工工资保函等，办理投标保函只需要提供招标文件+营业执照电子版就可以出函，而且价格便宜。履约保函就略微比较麻烦一些，根据项目的风险度，进行测评是否需要缴纳保证金，一般是全额免保证金的，保函金额在20万以下，不太适合在担保公司办理，我们建议是直接去开户行办理，但是会稍微麻烦一点而且没那么快能办出来。