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北京大学肿瘤医院设有36个临床科室，14个医技科室，10个基础研究科室,4个基础平台科室,开放床位801张。全年门诊量75万人次，年收治病人9.6万人次，手术1.7万例。医院职工近2600人，在编职工中正高级职称152人，副高级职称253人。
北京大学肿瘤医院现有工程院院士1名、长江学者奖励计划特聘教授2名，自建院以来先后有4人获国家自然科学基金杰出青年、11人获突出贡献专家，42人获政府特殊津贴。现有教授43名、副教授81名、博士研究生导师59名、硕士研究生导师69名。
研究所建所以来，在肿瘤学基础理论研究、常见主要肿瘤的临床诊断与、胃癌、食管癌高发区现场的预防干预研究等领域均有创新与的成绩，在国内外颇具影响。